突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶

　　曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。　　地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。　　主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受

　　三日月・奥格斯所属的铁华团，在从护送古荻莉亚・蓝娜・伯恩斯坦到地球时，在阿布罗代表提名选举中一战成名。他们在那场战斗中揭露了加拉尔霍恩的腐败，虽不明显但世界正因此确实地改变着。藉由和阿布罗交涉所获得的半金属利用权，并成为迪瓦兹直系组织的铁华团，资金也更加充裕，希望入团的人数也增加。其规模已经庞大

　　这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。　　人的细胞数量，约为37兆2千亿个。　　细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。　　运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。

　　天野灯偶然得到一位名叫苏菲·托莱特的吸血鬼女孩的帮助，　　并对她一见钟情。　　灯不请自来地来到她家，半强迫地开始了同居。　　苏菲虽是吸血鬼，却从不袭击人类，　　而是通过订购获得血液以及爱好的动画周边，过着这种现代的平民生活。　　这是一部与当下的吸血鬼美眉共度的同居喜剧。